题目：LncBRM initiates YAP1 signalling activation to drive self-renewal of liver cancer stem
cells
期刊：Nature Communications
影响因子：12.124
主要技术：RNA pull down、RIP、RNA-FISH、CRISPR/Cas9
研究背景
肝癌干细胞（干细胞）可能导致高复发率和肝细胞癌（HCC）的异质性。然而，肝干细胞生物学大部分仍然不明确。通过转录组的芯片数据分析，发现称为lncBRM的长链非编码RNA(lncRNA)在肝癌干细胞和HCC肿瘤中是高度表达的。LncBRM是肝癌干细胞自我更新维持和肿瘤发生所必需的。在肝癌干细胞中，lncBRM与BRM联合启动BRG1 / BRM转换，BRG1嵌入BAF复合体触发YAP1信号的激活。 此外，lncBRM与YAP1信号转导目标的表达水平与HCC患者的肿瘤分期呈正相关。 因此，lncBRM和YAP1信号有望作为肝癌诊断和潜在药物靶点的生物标志物。
研究思路
研究内容及结果
1. 作者首先通过成球实验、Northern、RT-qPCR、RNA-FISH、核质分离等检测手段，检测了LncBRM在肝癌肿瘤组织和Huh7中高表达及细胞中的定位。
2. 接着在体外实验和体内实验中，沉默及过表达LncBRM，然后利用成球实验、Northern Blot 和裸鼠成瘤等一系列实验证明了LncBRM与细胞自我更新存在正调控。
3. 接着作者研究了lncBRM与蛋白BRM的互作。通过RNA pull down、RIP及EMSA证明LncBRM可以与BRM蛋白结合，而通过FISH检测直观地看到了LncBRM与BRM蛋白在细胞内的重叠分布。
作者接着进一步通过IP（Co-IP）及WB等检测手段发现LncBRM与BRM结合将促使BRM/BRG1转换；而一系列不同浓度shLncBRM的处理，进一步证明LncBRM与BRM联合启动BRG1/BRM交换。
4. 作者接着运用CRISPR/Cas9技术构建BRM KO株和BRG1 KO株，RT-qPCR检测多个基因水平的变化情况，其中YAP1差异最为明显；进而结合WB蛋白水平检测，发现BRG1影响YAP1蛋白的表达。最后通过ChIP、双荧光素酶、EMSA等手段确定BRG1是影响YAP1表达的关键因素。
5. 作者先通过Anti-KLF4 免疫共沉淀实验确认KLF4可以与BRG1结合，再通过ChIP、EMSA证明KLF4又可以与YAP1启动子结合。而CRISPR/Cas9技术基因敲除KLF4及突变YAP1启动子后，再综合进行ChIP、RT-qPCR和WB验证，证明KLF4是直接影响YAP1蛋白表达。
6. 作者进一步通过成球实验和裸鼠成瘤实验再次确认YAP1是肝癌干细胞自我更新和肿瘤增殖所必须的。
7. 临床数据分析和标本检测进一步验证表明lncBRM与YAP1靶标的表达水平与HCC患者的肿瘤严重程度和预后呈正相关。
解析文献
Pingping Zhu,Yanying Wang,et al. LncBRM initiates YAP1 signalling activation to drive self-renewal of liver cancer stem cells.Nature Communications.2016; DOI: 10.1038/ncomms13608
参考文献
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4. Chen, Z. et al. Enhanced sensitivity of cancer stem cells to chemotherapy using functionalized mesoporous silica nanoparticles. Mol. Pharm. 13, 2749–2759 (2016).
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